تشکیل، توسعه و نحوه عملکرد مناطق آزاد در ایران از شروع پایه‌گذاری قانونی در برنامه اول توسعه در سال ۱۳۶۸ و تدوین قانون چگونگی اداره مناطق آزاد در سال ۱۳۷۲ با چالش‌های متعددی روبه‌رو بوده است.

از مهم‌ترین چالش‌های مناطق آزاد در ایران می‌توان به وسعت غیر متعارف، حضور در مناطق محروم کشور، حضور بافت جمعیتی در این مناطق، عدم توسعه زیرساخت‌ها، وجود مشوق‌های غیر هدفمند، تعدد اهداف در نظر گرفته شده برای این مناطق و عدم مدیریت و حکمرانی یک پارچه را نام برد. در کنار این موارد، یکی از جدی‌ترین چالش‌های مناطق آزاد در ایران مسئله درآمدزایی و تامین منابع مالی این مناطق است.

امتیاز اخذ عوارض و فروش زمین منبعی برای بودجه مناطق آزاد

پس از آن که تاسیس مناطق آزاد در قانون تصویب شد، ردیف بودجه جداگانه‌ای برای این مناطق از خزانه دولت در نظر گرفته نشد و به جای آن امتیازاتی در اختیار آن‌ها قرار گرفت تا به واسطه آن بتوانند به درآمدزایی و تامین منابع مالی بپردازند.

از جمله مقررات مرتبط با این امتیازات می‌توان به آیین‌نامه اجرایی اخذ عوارض در مناطق آزاد مصوب ۲۷/۱۰/۱۳۷۲، آیین نامه نحوه استفاده از زمین و منابع ملی در منطقه آزاد، مصوب ۱۳/۱۲/۱۳۷۲ و تصویب‌نامه ورود کالا از مناطق آزاد تجاری-صنعتی به داخل کشور مصوب ۱۹/۱۱/۱۳۸۲ اشاره کرد؛ که بر این اساس به مناطق آزاد اجازه داده شده با اخذ عوارض مختلف از جمله عوارض واردات کالا‌های تجاری از مناطق آزاد به سرزمین اصلی و فروش زمین و دارایی‌ها منابع مالی خود را تامین کنند.

۲۰ درصد بودجه مناطق آزاد جاری و ۸۰ درصد مابقی سرمایه‌ای است

با توجه به قانون بودجه مناطق آزاد تجاری- صنعتی، بودجه این مناطق به دو دسته منابع (منابع جاری و سرمایه‌ای) و مصارف (مصارف جاری و سرمایه‌ای) تقسیم می‌شوند.

بر اساس قانون بودجه، درآمد‌های جاری مناطق آزاد که بخش زیادی از آن شامل عوارض شهری و عوارض صدور مجوز‌های فعالین اقتصادی است، ۲۰ الی ۲۵ درصد کل بودجه را به خود اختصاص می‌دهد و مابقی آن متعلق به درآمد‌های سرمایه‌ای است که بخش عمده آن شامل درایی‌های سرمایه‌ای (فروش زمین) و دارایی‌های مالی (انتشار اوراق، اسناد دریافتی، تسهیلات داخلی و خارجی) است.

عوارض واردات کالا‌های تجاری از منطقه آزاد به سرزمین اصلی نیز به دلیل آن که درآمد حاصل از آن باید در توسعه زیرساخت مناطق مصرف شود، جزئی از منابع سرمایه‌ای در نظر گرفته می‌شود.

توسعه زیرساخت مناطق آزاد با استفاده از عوارض واردات کالا‌های تجاری

یکی از نکات قابل توجه در خصوص درآمدزایی و تامین منابع مالی مناطق آزاد این است که طبق ماده یک قانون چگونگی اداره مناطق آزاد دولت، وظیفه توسعه زیرساخت این مناطق را بر عهده سازمان‌های مناطق آزاد قرار داده است.
این مساله عملا سبب شده است سازمان‌ها بیش از آن که بر اهداف اصلی خود از جمله توسعه صادرات و جذب سرمایه‌گذاری تمرکز کنند، به دنبال راه‌های کسب درآمد بیشتر و تامین منابع مالی باشد. از همین رو سازمان‌ها نیز با در اختیار داشتن وسعت زیادی از اراضی به فروش آن‌ها روی آورده و بخش عمده‌ای از منابع خود را از این طریق تامین کنند.