همراه با بررسی جایگاه مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در اقتصاد دانش بنیان مبتنی بر بهره‌گیری از ظرفیت‌های تجاری ـ صنعتی مناطق در گسترش عملکرد اقتصاد دانش بنیان باید گفت: نوآوری فرآیندی است که از طریق آن ایده‌ها و شیوه‌هایی تازه خلق می شوند و به معنی گامی اساسی در حوزه توسعه محصول جدید و خلق بازار است. نوآوری مشخصه کارآفرینی فناورانه کاربردی دانش‌محور است که محصولات نوین یا خدماتی را برای جذب مشتریان بیشتر و چگونگی مدیریت بازار ارائه می‌دهد.

همچنان‌که خلق محصول نیز با هدف تجاری‌سازی از اهمیت فراوانی برخوردار است. نظام نوآوری سازمان‌های مناطق آزاد و ویژه اقتصادی با هدف بازارسازی با استفاده از ایده‌ها و طرح‌های نو به‌ویژه از سال ۱۴۰۱ متناسب با شعار تولید، دانش بنیان و اشتغالزایی بر اساس مزیت‌های موجود در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی برنامه ریزی شده است.
براین‌اساس، نوآوری فرآیند تجاری‌سازی به‌منزله ابزاری قلمداد می‌شود تا کارآفرینان بتوانند‌ ثروتی تازه خلق کرده، و منابع تولیدی جدید ایجاد کنند و یا به منابع موجود، موهبت ثروت آفرینی تازه‌ای ببخشند‌. از این طریق است که با تغییرات حاصله فعالیت‌های نوآورانه دانش بنیان و فرصت‌های بهره‌برداری نو قابل دستیابی است. آن‌گونه که سازمان دیده‌بان جهانی کارآفرینی (GEM: Global Entrepreneurship Monitor) نشان داده است، همبستگی قوی میان رشد اقتصاد ملی و سطح فعالیت‌های کارآفرینانه وجود دارد، و توجه به آن در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی شایان توجه است.

درخصوص اهمیت نوآوری در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی که از کانون‌های اصلی توجه و تدارک اقتصادی از جنس توسعه و ارتقای اقتصاد دانش بنیان کشور به شمار می‌روند، می‌توان گفت، سازمان‌های مناطق آزاد و ویژه اقتصادی همراستا با تلاش‎‌های موجود باید اهدافی همچون بهبود بهره‎‌وری، افزایش اثربخشی و تقویت جایگاه رقابتی را در فضای اقتصاد دانش بنیان دنبال ‌کنند که تحقق این موارد به‌واقع رمز موفقیت آنها در رقابت و خلق ثروت از سوی سرمایه‌گذاران و فعالان اقتصادی مناطق کشور است؛ هرچند شناسایی و کاربرد سطوح تکنولوژی در عرصه‌ فعالیت واحد‎های تولیدی در بنگاه‎‌های اقتصادی مستقر در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و ارتقا و کمک به فعالیت آنها برای استفاده از تکنولوژی‎‌های پیشرفته با مکانیسم نوآوری که از مشخصه‌های مهم کارآفرینی است با استفاده از سطوح سوم و چهارم تکنولوژی برای کاهش قیمت تمام شده محصولات و جذب بازار بیشتر حائز اهمیت است. مواردی که در فعالیت‌های مناطق در ایران کمتر به آنها توجه شده است.
هم‌اکنون حدود ۸۰ درصد صادرات کشورهای جهان در موج سوم تکنولوژی انجام می‎‌گیرد. ۲۰درصد باقیمانده در موج چهارم تکنولوژی انجام می‌شود که با افزایش آن روز به روز بازارهای بیشتری برای تولید و صادرات افزونتر ایجاد می‌شود. مسئله‌ای که در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی ایران از طریق پیوند فعالیت‌ها با اقتصاد دانش‌بنیان و تولید و صنعت قابلیت تحقق بیشتری را دارد. برای انجام این مهم باید سطوح فناوری هر یک از واحدهای تولیدی و صنعتی مناطق را در بنگاه‌‎های اقتصادی دانش بنیان بر اساس پیوستار، معیارها و شاخص‎‌های معتبر در نظر گرفت، و عملکرد آنها را در طول سال به صورت میدانی مورد ارزیابی قرار داد. با انجام این کار البته ساختار تکنولوژیک واحدهای اقتصادی در مناطق برای تولیدات صادرات‌محور اصلاح و بهینه خواهند شد.
با توجه به اهمیت افزایش صادرات تولیدی ـ خدماتی در بنگاه‌های اقتصادی در مناطق آزاد که در برنامه‎‌ها و احکام ابلاغی ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی اعلام شده و همچنین لزوم ظرفیت‌سازی بهینه برای بیش از ۲۲۸۰ واحد تولیدی ـ صنعتی مستقر در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی از طریق ارتقای تکنولوژی و برای تولید و صادرات افزونتر، بایدگفت سطوح فناوری این مناطق باید از طریق اقتصاد دانش‌بنیان با زمینه‌های تقویت و افزایش تولید صادرات محور و جذب بازار ارتقا یابد. آشکار است که برای شناسایی سطوح تکنولوژی در این مناطق، انجام برنامههای ایجابی برای توسعه واحدهای تحقیق و توسعه (Research and Development) در واحدهای تولیدی و صنعتی از جمله برنامه‎‌های راهبردی برای افزایش بهره‌‎وری و حضور رقابتی در بازارهای صادراتی مورد نظر است که در مناطق آزاد و ویژه باید کاملاً مطمح نظر قرار گیرد.

از عمده‌ این واحدها می‌توان به شرکت‎‌های نوپا اشاره کرد که مأموریت‎‌های‌شان درحوزه کسب و کارهای استارتاپی بسیار اهمیت دارد. شرکت‌هایی که باید بیشتر مورد توجه قرار گیرند. دراین خصوص بهرگیری از مدیران کارآمد و کارشناسان کیفی در مناطق آزاد و ویژه می‌تواند اهمیت فزاینده انتقال فناوری در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی را مبتنی بر جذب سرمایه‌گذاری خارجی و داخلی و با مشارکت ایرانیان خارج از کشور نشان دهد. عقب ماندگی در جذب سرمایه‌گذاری مانع اصلی استفاده از تکنولوژی پیشرفته و بهره‌گیری از فناوری‌های نوین از جمله اینترنت اشیا و هوش مصنوعی در حال حاضر خواهد بود. هوش مصنوعی که عملکردها را از روی ذهن انسان‌ها تقلید می‌کند با تکنولوژی ظهور پیدا کرده است. با بیشتر شدن نقش توانمند تکنولوژی، فرآیند انتقال تکنولوژی به تدریج تبدیل به یک فناوری عادی و روزمره‌ای می‌شود که برای برخی رویافروشی قلمداد می‌شود.

بنابراین، توجه به گسترش فناوری‌های نوین، اینترنت اشیا (IOT) و هوش مصنوعی (AI) نقش کلیدی در بهبود زیرساخت‌ها، افزایش بهره‌وری و تسهیل خدمات در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی دارند. این فناوری‌ها می‌توانند با اتصال هوشمند دستگاه‌ها و تجهیزات، روند توسعه را در مناطق تسریع کنند. از جمله کاربردهای بالقوه آنها می‌توان به نظارت هوشمند بر مصرف انرژی در مدیریت منابع، بهینه‌سازی فرآیندهای حمل‌ونقل و لجستیک برای کاهش هزینه‌ها و زمان، و ایجاد سیستم‌های نظارت محیطی هوشمند برای کنترل آلودگی هوا و آب اشاره کرد.

همچنین، بهره‌گیری از هوش مصنوعی در تحلیل داده‌های بزرگ می‌تواند به بهبود تصمیم‌گیری‌ها در برنامه‌ریزی شهری و توسعه زیرساخت‌های اقتصادی مورد نیاز مناطق منجر شود. از سوی دیگر، فناوری اینترنت اشیا با ایجاد شهرک‌های صنعتی هوشمند و نظارت بلادرنگ بر زنجیره تأمین، می‌تواند بهره‌وری اقتصادی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی را افزایش داده و فرصت‌های شغلی سالم و اشتغال مولد، تنظیم بازار کار و کالا، حضور فعال در بازارهای جهانی و منطقه‌ای به‌منظور پشتیبانی از فعالیت‌های اقتصادی و برقراری ارتباط تجاری بین‌المللی و تحرک در اقتصاد منطقه‌ای ایجاد کند. همچنان‌که ادغام این تکنولوژی‌ها با زیرساخت‌های مناطق آزاد و ویژه، بستری مناسب برای رشد اقتصادی و پایداری زیست‌محیطی فراهم خواهد کرد. به‌علاوه، ایجاد فرصت‌های شغلی سالم و اشتغال مولد است. از دیگر اهداف تشــکیل این مناطق به شمار می‌روند.